Temo che lo sfasamento che percepisci sia dovuto proprio all'hardware diverso delle due interfacce.
Se fosse così non vi è soluzione - MA QUESTA E' SOLTANTO UN'IPOTESI, in quanto non ho idea di come siano fatte dentro le due bestie in questione.
Come l'hai percepito? Ad orecchio o con strumenti di misura?

Se gli effetti outboard che usi in mandata sono di quelli che generano latenza di per sé (delay, riverbero, chorus, ecc.), credo che la cosa sia irrilevante.
Se invece nel mix vuoi creare un processing multiplo per ispessire un suono, allora lo sfasamento può crearti problemi anche gravi (hai presente l'effetto di un filtro "allpass"?).
Io proverei comunque... chissà, magari trovi il sound del nuovo millennio... :-)

Ad orecchio il suono è evidentemente modificato. Se inserisco un simple delay in una delle due tracce identiche e variando di qualche millisecondo arrivo ad udire qualcosa che si avvicina al suono originale. Lo sfasamento è sicuramente minimo comunque sufficiente, come tu hai giustamente osservato, a creare gravi problemi se volessi ispessire il suono. Mi chiedo solo se tutto ciò vanifica l'efficaia di una situazione del tipo: uscita 1-2 apogee chitarre, uscita 3-4 apogee voci ... uscita 11-12 firestudio basso uscita 13-14 firestudio out send effetti ecc. Considerando cmq che la finalità dell'operazione è il pieno utilizzo delle 16 tracce del sommatore.
Del resto se ciò fosse grave, apple non avrebbe realizzato la possibilità di aggregare due (o più...) interfacce audio. O sono io che mi illudo...
Grazie cmq per l'augurio del suono del millenio ! ;-)

Tume

IMHO, l'aggregazione di Apple credo che sia un'opzione "prosumer" per dare un'opportunità in più a chi ha un budget limitato e non voglia assolutamente invadere campi altamente specifici (e molto discussi...) come quello di "Mix-in-the-box vs. Analog-summing".
Là dove si possono spendere caterve di euri per un sommatore analogico (tutto "sommato" ;-P, un'apparecchiatura concettualmente banale dove contano principalmente l'estrema qualità dei componenti e l'assemblaggio degli stessi), non penso ci si faccia problemi per l'acquisto di due o più interfacce uguali.

Sempre IMHO, se due tracce (o coppie stereo di esse) con suoni completamente eterogenei provengono da due sistemi con fasature leggermente diverse, come direbbe Fiorello/Camilleri: … e cchi senne fotte?". Basta che i segnali omogenei tra loro provengano dalla stessa interfaccia. Per contro: se hai piazzato il microfono del basso solo un metro più in là di quello della chitarra, eccoti subito 3 millisecondi di latenza "naturale…

Discorso a parte invece è quello dei convertitori.
Lì potrebbero esserci dei comportamenti indesiderati come ad esempio l'introduzione di una rotazione di fase via via crescente all'aumentare della frequenza (come spesso accade in molte interfacce anche non economiche, pure con differenze tra canali pari e dispari dovute al multiplexing per sfruttare un solo convertitore per due I/O analogici).
Se vuoi veramente sapere come si comportano, dovresti procurarti un generatore sinusoidale e un'oscilloscopio, mettendo in asse X il segnale originale e in asse Y quello che passa attraverso l'interfaccia.
Poi spazzoli da 20Hz a 20kHz. Se quello che ottieni è una figura (di Lissajous) di forma costante sei fortunato, se poi approssima una linea obliqua a 45°, beh, hai un c... pazzesco!

Riguardo al "suono del millennio": l'Aural Exciter (Aphex) è nato da un (madornale) errore di progettazione di un preampli per chitarra...

Ciao!

A questo punto, lo dico con ignoranza, mi chiedo se due interfacce uguali collegate via firewire non presentino problemi di sfasatura causati non dai convertitori ma dalla firewire. E ciò mi ha fatto pensare di collegare le due interfacce via ADAT, scollegando la firewire del Presonus (funziona stand alone) e mantenendo il word clock. Così facendo eviterei i possibili problemi causati dalla aggregazione e da un collegamento firewire. Se la sfasatura rimane la colpa è unicamente dei convertitori (proverei quindi l'esame che hai suggerito), a quel punto valuterò il danno minore e mi affiderò al teorema Camilleri....
Grazie, ciao!

Tume